Ввиду уникального расположения и сочетания природных и климатических явлений (ветры, извержения вулканов, обилие дождей) острова, на которых расположена Япония, не имеют плодородных земель, необходимых для развития растительности. Исключение составляют леса, где слой плодородной почвы обновляется естественным путем, вулканические почвы и болотные местности.
Именно поэтому в Японии сильно развита культура возделывания земли. Все достижения науки и техники используются для улучшения качества почвы. Это и удобрение, и орошение, противоэрозионные меры и другие способы развития земледелия.
Чуть больше половины территории страны покрыто лесами в которых произрастают 168 видов деревьев, всего же на землях Японии насчитывается 2750 различных видов растений. Благодаря протяженности с севера на юг, в Японии можно встретить растения умеренной, субтропической и тропической зон.
В частности встречаются некоторые виды пальм (катеху, сахарная, аренга), несколько видов папоротников, фикус, банан. В горной местности встречаются вечнозеленые дубы и растения характерные для тропического пояса – пихта, сосна.
Ввиду того, что Япония отдалена от материка, животный мир обособлен. Один и тот же вид животных, обитающих на тех же широтах, но на материке, сильно отличается от тех, что развивается на островах Японии. Нередко их даже называют японскими подвидами, как правило, от материковых видов Японские отличаются размерами – они значительно меньше.
Животный мир на разных островах имеет свои различия, но есть и общие особенности. К примеру, на всех островах, практически до 40° северной широты распространены обезьяны, особенно велика численность японского макака. Очень велико распространение разнообразных видов птиц, особенно живущих на воде. А вот пресмыкающихся наоборот, очень мало. Скажем на островах всего два вида ядовитых змей.
Многочисленные дикие животные (медведи, кабаны, лисы и многие другие) сохранили видовую численность благодаря различным заповедникам и охраняемым паркам.